Die Therapie hängt von der individuellen Situation ab, etwa einem Kinderwunsch, der Zystengröße oder den Beschwerden. Grundsätzlich können Endometriome medikamentös oder operativ behandelt werden. Medikamente lindern Schmerzen und können die Zyste verkleinern, lösen sie jedoch nicht auf. Eine vollständige Heilung ist nur durch eine Operation möglich. Auch diese ist aber keine Garantie dafür, dass die Zyste nicht wiederkommt.
Die Standardmethode ist die schonende Entfernung per Bauchspiegelung. Dabei wird über kleine Schnitte operiert, wodurch kaum Narben zurückbleiben. Bei besonders großen Zysten kann aber auch ein Bauchschnitt sinnvoll sein.
Eine weitere Möglichkeit ist die Sklerotherapie. Dabei wird die Zyste punktiert und das Zystengewebe mit hochprozentigem Alkohol behandelt, wodurch es schrumpft. Dies kann entweder über die Vagina unter Ultraschallkontrolle oder über einen kleinen Baucheingriff erfolgen. Studien zeigen, dass diese Methode die Eierstockfunktion weniger belastet und bei Kinderwunsch ähnliche oder sogar bessere Chancen auf eine Schwangerschaft bieten kann als eine klassische Operation.
Das bloße Öffnen der Zyste, die sogenannte Fensterung, wird nicht empfohlen, da die Zysten oft wiederkommen und der Eierstock zusätzlich geschädigt werden kann. In Ausnahmefällen wird auch die Entfernung des gesamten betroffenen Eierstocks erwogen, abhängig von Größe, Lebenssituation und anderen individuellen Faktoren. In den meisten Fällen ist dies jedoch nicht die erste Option.